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Nel Museo Botanico vi sono sette sale espositive disposte su due piani.

Prima sala – Oltre al ritratto del fondatore dell’Orto Botanico Luca Ghini, si può ammirare l’antico portone scolpito in noce un tempo posto all’accesso del Giardino dei Semplici in via Santa Maria.

Seconda sala – Ospita una piccola ricostruzione della cinquecentesca Wunderkammer che era stata creata proprio nella palazzina oggi sede del Museo.

Terza sala – Ospita la collezione storica di ritratti di semplicisti, naturalisti e direttori dell’orto. Insieme ai ritratti in questa sala è esposto il Catalogus Plantarum Horti Pisani di Michelangelo Tilli (1723)

Quarta sala – Dedicata interamente a Gaetano Savi, prefetto dell’Orto e direttore del Museo Botanico a cavallo tra il settecento e l’ottocento.

Quinta sala – Vi sono esposti splendidi modelli ottocenteschi in gesso e/o in cera, fatti realizzare quasi tutti da Pietro Savi a supporto della sua attività didattica. Tra di essi, di particolare rilievo i funghi, opera della scuola ceroplastica di Luigi Calamai. Degno di particolare rilievo è anche l’originale del modello raffigurante la fecondazione della zucca che fu usato a Pisa nel 1839 da Giovanni Battista Amici per illustrare le sue scoperte, durante la prima riunione degli scienziati italiani. Tutti i modelli sono stati restaurati nel 2016 dall’Opificio delle pietre dure di Firenze, grazie al contributo finanziario della Fondazione Pisa.

Sesta sala – è dedicata a Teodoro Caruel e a Giovanni Arcangeli. Qui, tra i vari reperti, sono esposti anche alcuni campioni e preparati di piante da fibra acquistati all’Esposizione coloniale di Marsiglia del 1906.

Settima sala – sono esposti alcuni campioni provenienti dall’Erbario, alcune tavole didattiche ottocentesche e altre prodotte tra la fine del 800 e la prima metà del 900, nonché una selezione dei reperti paleobotanici conservati presso il Museo.

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